Directeur Harrie van den Elsen heeft de dagelijkse leiding en wordt bijgestaan door de staf. De staf bestaat uit Jan Rademakers (hoofd Onderwijs en vervangend directeur), John Slangen (hoofd Klassiek), Jan Formannoy (hoofd jazz/pop) en Marc Rutten (hoofd Docent Muziek).

Conservatorium Maastricht staat als faculteit van Hogeschool Zuyd onder bevoegd gezag van het College van Bestuur.